آکادمی خصوصی Seikyou گذشته ای مبهم دارد. اگرچه این مدرسه برای جشن گرفتن فولکلور سنتی غیبی ساخته شده است، اما برای شش دهه توسط یوکو، روحی که در زیرزمین ساختمان قدیمی به پایان غم انگیزی رسید، تسخیر شده است. یوکو بدون خاطره ای از مرگ یا وجودش، بی سر و صدا کلوپ تحقیقات ماوراء الطبیعه را برای یافتن پاسخ ایجاد می کند. Yuuko در نهایت با Teiichi Niiya، یک دانشجوی سال اول سخت کوش که روح عجیب و غریب را می بیند، برخورد می کند. این دو به هم نزدیک می شوند و تیچی متعهد می شود که در کنار کری کانوئه، خویشاوند یوکو و موموئه اوکونوگی، دانشجوی سال دوم، که از وضعیت بی خبر است، به جستجوی باشگاه برای یافتن حقیقت کمک کند. همانطور که آنها هفت اسرار بدنام مدرسه را کشف می کنند، به تدریج رازهای پشت در گذشت یوکو را فاش می کنند. از طریق Tasogare Otome x Amnesia، این دانش‌آموزان متحد می‌شوند و رویدادهای ماوراء طبیعی مدرسه را آشکار می‌کنند، در حالی که به کشف حقیقت مرگ یوکو نزدیک‌تر می‌شوند.