اکنون شیکی گرنبل که Edens Zero را در اختیار دارد، چهار ستاره درخشان را جمع کرده است. با کمک دوستان جدیدش، شیکی قادر خواهد بود به دراگون فال - مرز کیهان ساکورا که از اژدهایان مکانیکی انبوه می‌شود، بشکند. پس از رسیدن به آن، او می تواند به جستجوی خود برای یافتن الهه مادر ادامه دهد.

قبل از اینکه خدمه Edens Zero بتوانند سفر خود را پیش ببرند، متوجه یک کشتی جنگی مرموز می شوند که آنها را تعقیب می کند. شیکی و خدمه‌اش پس از اطلاع از این که کشتی - بلیال گور - متعلق به دراکن جو است، تلاش می‌کنند تا به آن نفوذ کنند تا بفهمند چرا کیمیاگر تاریکی دنبالشان است. در این روند، Edens Zero توسط زیردستان دراکن گروگان گرفته می شود.

اگرچه آنها در شرایط سختی قرار دارند، اما شیکی حاضر به عقب نشینی نیست. شیکی با همکاری دوستانش باید کیمیاگر تاریک را از بین ببرد، اگر امیدوار باشد که از بلیال گور زنده بیرون بیاید.