در نیمه شب، ساعت تاریک ظاهر می شود - ساعتی مخفی که بیشتر افراد از آن بی خبرند. آنهایی که در این مدت در تابوت ها به دام نرفته اند و به اندازه کافی متأسفانه خود را هوشیار می یابند، با موجودات خطرناکی به نام سایه ها مواجه می شوند. با این حال، تعداد کمی از آنها پتانسیل استفاده از Persona را دارند: قدرت ویژه ای که برای شکست دادن این موجودات استفاده می شود. این گروه مخفی SEES (جوخه اعدام فوق برنامه تخصصی) نام دارد و ماموریت آنها کشف دلیل ظاهر شدن ساعت تاریکی است.

تنها مدت کوتاهی پس از اینکه دانشجوی انتقالی ماکوتو یوکی اقامت خود را در خوابگاه ایواتودای آغاز کرد، شخصیت او پس از حمله یک سایه قوی از خواب بیدار می شود. اکنون که در صفوف SEES استخدام شده است، در کنار همرزمانش شروع به مبارزه می کند، زیرا تنها آنها می توانند از بشریت در برابر سایه ها محافظت کنند و از ناهنجاری که ساعت تاریکی است جلوگیری کنند.

[نوشته شده توسط MAL Rewrite]