300 سال پس از یک جنگ طولانی بین زمین و مریخ که به "جنگ خردکننده" معروف است، زنی به نام کوردلیا برای استقلال یکی از شهرهای مریخ به زمین سفر می کند. و اعضای یک واحد امنیتی خصوصی به نام CGS از او در این سفر حمایت می کنند، از جمله میکازوکی آگوس و ارگا ایتسوکا. اما هنگامی که گروهی به نام جیلارهورن به CGS حمله می کند، Orga و Cordelia این را فرصتی طلایی برای شورش علیه CGS و راه اندازی کودتا می بینند. اکنون میکازوکی و ارگا درگیر یک جنگ جدید هستند و میکازوکی با نسخه قدیمی یک لباس موبایل که متعلق به دوران جنگ خردکننده است، سفر می‌کند. سلاحی که انرژی خود را از راکتور هسته ای دریافت می کند گاندام بارباتوس نام دارد.