جیرُو آزوما، نوجوانی هفده‌ساله، همراه با پدربزرگش زندگی آرامی دارد. او با استفاده از توانایی ماورایی‌اش در صحبت با حیوانات، با آن‌ها دوست می‌شود و از آن‌ها محافظت می‌کند. هم او و هم پدربزرگش از نوادگان یک قبیلهٔ قدیمی شینوبی (نینجا) هستند و برای زنده نگه داشتن هنر مبارزه، به تمرین‌های رزمی می‌پردازند.

زندگی آرام جیرُو زمانی دگرگون می‌شود که او یک گربهٔ سیاه به نام راغو را نجات می‌دهد؛ گربه‌ای که در ظاهر معمولی است، اما در واقع یک مونوکونه—روحی شیطانی که سال‌ها با انسان‌ها در جنگ بوده—از آب درمی‌آید.

وقتی یک مونوکونهٔ خصمانه برای یافتن راغو به سراغشان می‌آید، جیرُو با مهارت‌های شینوبی خود برای دفاع از گربه وارد نبرد می‌شود، اما در همان لحظه به‌شدت زخمی و در آستانهٔ مرگ قرار می‌گیرد.

راغو در برابر این تصمیم قرار می‌گیرد که آیا انرژی حیاتی در حال خاموش شدن جیرُو را ببلعد و قدرت خود را بازگرداند یا نه؛ اما در نهایت، او تصمیم می‌گیرد باقی‌ماندهٔ انرژی‌اش را به جیرُو بدهد. این انتقال، جان جیرُو را نجات می‌دهد و در عین حال به او قدرت‌های ماورایی تازه‌ای می‌بخشد که با سبک مبارزهٔ شینوبی‌اش ترکیب می‌شود.

این اتفاق توسط ریوسوکه شیبا، مأمور ادارهٔ جاسوسی که وظیفه‌اش مقابله با مونوکونه‌های خطرناک است، دیده می‌شود. شیبا به جیرُو و پدربزرگش پیشنهاد می‌دهد به واحد تازه‌تأسیس «Black Torch» (مشعل سیاه) بپیوندند و در مبارزه با مونوکونه‌هایی که انسان‌ها را شکار می‌کنند، همکاری کنند.