در تایلند، روآناپور، شهری تباه و جنایت‌آلود وجود دارد که در آن حتی مقامات یا کلیساها نیز از پنجه‌های فساد دست نخورده نیستند. این شهر که بهشتی برای محکومان و افراد منحط است، به دلیل مرکز فعالیت‌ها و عملیات‌های غیرقانونی، که اغلب توسط سندیکاهای جنایی محلی تقویت می‌شود، بدنام است.

روکورو اوکاجیما، یک تاجر متوسط ​​ژاپنی که زندگی کسل کننده و یکنواختی داشته است، وارد شوید، زمانی که در نهایت شانس خود را برای تغییر سرعت با یک سفر تحویل به جنوب شرقی آسیا پیدا می کند. سفر کاری او به سرعت به سمت پایین می رود زیرا روکورو توسط یک گروه مزدور فعال در روآناپور به نام تالاب سیاه دستگیر می شود. این گروه قصد دارد از او به عنوان ابزار چانه زنی در مذاکرات استفاده کند که در نهایت شکست خورد. روکورو که اکنون رها شده و توسط کارفرمای سابقش خیانت شده است، تصمیم می گیرد به بلک لاگون بپیوندد. برای زنده ماندن، او باید به سرعت با محیط جدید خود سازگار شود و خود را برای خونریزی و مصیبت پیش رو آماده کند.

مرداب سیاه، یک مهیج بی وقفه و با اکتان بالا، به عمق اخلاق و فضیلت انسانی می پردازد. شاهد روکورو است که تلاش می کند تا ارزش ها و فلسفه های خود را دست نخورده نگه دارد و به آرامی از یک تاجر به یک مزدور بی رحم تبدیل می شود.