عمارت ناهموار کلاس 3-E در کوه‌ها در کنار مدرسه راهنمایی معتبر کونوگیگائوکا قرار دارد. این طردشدگان سرکش توسط همسالان خود به تحقیر نگاه می‌شوند و بعید به نظر می‌رسند که از نظر تحصیلی برتر باشند، تا زمانی که فرصتی پیشگامانه پیش بیاید: پایان دادن به معلم جدید تهدیدآمیز خود. Koro-sensei، موجودی مرموز شبیه اختاپوس، و همان موجودی که ماه را در هم شکست، اکنون در ماه مارس سال بعد، بقای زمین را تهدید می کند. دانش آموزان وظیفه ترور او را بر عهده دارند، اما به سرعت متوجه می شوند که این کار ساده ای نیست. Koro-sensei با سرعت رعد و برق تا 20 ماخ حرکت می کند و در برابر بیشتر سلاح های انسانی غیر قابل نفوذ است. در یک پیچ و تاب طعنه آمیز، او همچنین ثابت می کند که یک معلم استثنایی است و مهارت های شناختی و جنگی پیشرفته ای را به اعضای کلاس 3-E می دهد و در عین حال امکان انتقال به پردیس اصلی را دارد. ناگیسا شیوتا و همتایانش که در آزمون و خطا پیشرفت می کنند، باید نقاط ضعف کوروسنسی را برای نجات سرنوشت جهان کشف کنند. زمان مهم است و شکست یک گزینه نیست.