در حالی که اکثر پسران پانزده ساله، به هر طریقی، اسرار مربوط به دختران را در خود پنهان می کنند، تاکاشی ناتسومه راز عجیب و وحشتناکی در ارتباط با یوکای دارد: تا زمانی که به یاد می آورد، دائماً توسط این ارواح تعقیب می شد. . ناتسومه به زودی متوجه می شود که مادربزرگ متوفی او ریکو یوجینچو یا "کتاب دوستان" را به او منتقل کرده است، که حاوی نام ارواح تحت کنترل خود است. اکنون که در اختیار ناتسومه است، این کتاب به نوه ریکو نیز این قدرت را می دهد، به همین دلیل است که این موجودات خشمگین اکنون او را تعقیب می کنند تا به نوعی به آزادی خود دست یابند.

بدون پدر و مادر و خانه ای دوست داشتنی، و دائماً توسط یوکای های متخاصم و بی رحم شکار می شود، ناتسومه به دنبال آرامش است - جایی که به آن تعلق دارد. با این حال، تنها همراه او یک محافظ خودخوانده به نام مادارا است. مادارا که از او به عنوان Nyanko-sensei یاد می شود، یک روح گربه سان مرموز و به اندازه یک نیم لیتر است که دلایل خاص خود را برای چسبیدن به پسر دارد.

بر اساس مانگای تحسین شده یوکی میدوریکاوا، ناتسومه یوجینچو یک سریال غیر متعارف و ماوراء طبیعی از زندگی است که ناتسومه را در حالی دنبال می کند که او با محافظ بدنامش مادارا تلاش می کند تا ارواح مقید به قرارداد مادربزرگش را آزاد کند.