از دوران کودکی تا کنون، تاکاشی ناتسومه همیشه توانسته چیزهایی را ببیند که دیگران نمی‌توانستند، به عنوان مثال، یوکای، یک نوع موجود معنوی شبیه به هیولاها. مادربزرگ فقید ناتسومه، ریکو، یوکای را به یک مسابقه دعوت می کرد و کسانی که می خواستند مجبور شدند با او پیمانی ببندند که نام آنها را به "یوجین چو" او مرتبط می کرد. از زمانی که کتاب به ناتسومه رسید، او وقت خود را صرف بازگرداندن اسامی نوشته شده در کتاب به صاحبان اصلی آنها، همراه با محافظ خودخوانده اش نیانکو سنسی کرده است. ناتسومه که مشغول پیمایش بین انسان ها و یوکای است، به طور تصادفی با یکی از همکلاسی های سابق خود به نام یوکی برخورد می کند که دیدن او خاطرات دردناکی را از یکی از یوکای ها زنده می کند. در همین حال، ناتسومه با یوری تامورا ملاقات می کند، زنی که در خاطرات یک یوکای بود که نام خود را به او باز می گرداند. یوری چیزهای زیادی در مورد مادربزرگ ناتسومه می داند، اما او اکنون با تنها پسرش، موکو، زندگی آرامی دارد. بودن با این خانواده برای ناتسومه بسیار آرامش بخش بود، اما مانند یک یوکای مرموز بود که در شهر سرگردان بود. در راه بازگشت از تحقیقات، یک "دانه یوکای" که خود را به Nyanko-sensei متصل کرده بود به باغ خانواده فوجی‌وارا می‌افتد و در شب به یک درخت میوه بزرگ می‌شود. وقتی نیانکو سنسی میوه ای شبیه خودش را می خورد، ناگهان به 3 تقسیم می شود!