آکادمی میهاما، جایی که زمانی پناهگاه دختران با گذشته‌های دردناک بود، حالا به یه مرکز تمرینی پیشرفته برای 《سازمان ویژه تحقیق و توسعه》 تبدیل شده. مأموریت این سازمان؟ پرورش نیروهای نخبه‌ای که بتونن از کشور محافظت کنن. تیم جدید شامل استعدادهایی خارق‌العاده‌ست: رنا و ماکی، متخصص سلاح‌های گرم؛ توهکا و گومی، تک‌تیراندازهای بی‌نقص؛ کریس، استاد مواد منفجره و پردازش داده؛ و موراساکی، نینجای چیره‌دست عملیات‌های اطلاعاتی.
این گروه خاص در کنار هم به حل پرونده‌های فوق سری برای پلیس و نیروهای دفاعی مشغولن، جایی که هر مأموریت مرگبارتر از قبلیه و نیازمند هماهنگی بی‌نقص بین اعضای تیمه.
پ.ن: این سری وقایع بعد از داستان‌های Grisaia no Rakuen و Grisaia no Kajitsu رخ می‌ده و دنیای Grisaia رو با چالش‌هایی جدید و پر از هیجان ادامه می‌ده!