داستان بلافاصله پس از وقایع Grisaia no Meikyuu رخ می دهد، زمانی که Kazami Yuji مظنون به همکاری با یک سازمان تروریستی بین المللی به رهبری Hithaslo است و این سازمان موفق می شود با یک سلاح کشتار جمعی بسیار خطرناک وارد مرزهای ژاپن شود. در همین حال، در آکادمی میهاما، بقیه دانش آموزان به دلیل مشکلات مالی که معلمشان با آن مواجه است، زمان زیادی تا تعطیلی مدرسه ندارند. در طول یک سال گذشته، به لطف دخالت یوجی، دختران میهاما بالاخره توانستند به وضعیت جدید عادت کنند، اما آیا آنها سر خود را پایین نگه می‌دارند و اجازه می‌دهند دنیا بدون توجه به محیط اطرافشان تغییر کند؟ با نزدیک شدن به پایان کارشان در آکادمی میهاما، آمنه، ماکینا، ساچی، یومیکو و میشیر به همین نتیجه می رسند.